耕地具有重要的生态服务价值,征地过程中对生态价值补偿的缺失,低估了耕地价值,是导致耕地快速非农化的原因之一.以机会成本作为度量耕地生态补偿标准的依据,考虑不同土地利用方式,并在一定程度上反映耕地质量差异,将水库淹没耕地划分为建设占用耕地、耕地和退耕还林地3种类型,界定建设占用耕地的机会成本为建设用地价格,耕地的为种植粮食的最高收益,退耕还林地的为我国退耕还林的补助额度.利用贵州省1995年至2000年的土地利用变化及社会经济截面数据,通过非农化率预测,分别得到3种地类的面积.研究结果表明,六枝县水库淹没耕地的机会成本为339 579元/hm2,水城县为352 127元/hm2,织金为171 274元/hm2,纳雍为310 676元/hm2,除织金县外,其他县份均略高于现行标准,以机会成本作为水库淹没耕地生态补偿标准具有较强的可操作性.