为了提高农业水利工程运营效率,采用25个省(市、自治区)的面板数据,分别利用超效率DEA模型和Malmquist指数法测算了全国25个省(市、自治区)的农业水利工程运营绩效,分析了农业水利工程运营绩效的影响因素。结果显示:东部沿海省(市、自治区)农业水利工程运营绩效远高于西部各省(市、自治区),地区间农业水利工程运营绩效差异较大;东部各省(市、自治区)存在水利工程建设投资规模效率下降的趋势,西部各省(市、自治区)存在水利工程建设投资规模效率上升的趋势;纯技术效率的提升推动了农业水利工程运营绩效的提升,而技术进步是农业水利工程运营绩效提升的主要因素,由此,建议继续加强西部基础设施建设,并细化东部水利工程建设投资方向。