水利水电工程建设与移民安置会占用淹没区与安置区土地，根据补偿原理，淹没区与安置区理应获得补偿，从公平角度研究其土地补偿，对于增进移民与安置区居民福社、实现社会公平正义具有积极意义。本文在界定和讨论淹没区与安置区土地公平补偿内涵与范围的基础上，分析了研究区域现行补偿标准的公平性，采用收益还原法和条件价值法分别测算了淹没区与安置区土地的市场价值与非市场价值，并由此测算土地公平补偿。结果表明：①淹没区与安置区土地公平补偿内涵是“损失什么，补偿什么”，采取完全补偿原则，能体现“两区”之间的公平，公平补偿范围包括农地市场价值和非市场价值;②研究区域淹没区和安置区水田的市场价值分别是698 558.18元/hm^2和573 272.73元/hm^2，旱地为457 090.91元/hm^2和465 818.18元/hm^2,淹没区和安置区水田的非市场价值为50 006.40元/hm^2和52 008.36元//hm^2，旱地为 47 045. 65元/hm^2和48 278. 08元/hm^2③淹没区水田公平补偿测算结果为748 564.58元/hm^2，旱地为504 136.56元/hm^2;安置区水田公平补偿为625 281.09元/hm^2，旱地为514 096.26元/hm^2;④现行淹没区水田和旱地补偿标准仅为测算结果的53.77%和53. 80%，安置区的补偿标准更是远低于该测算结果。研究结论：研究区域现行土地补偿标准仅能反映部分农地价值，是不完全补偿，同时，有关补偿制度未将淹没区与安置区土地补偿置于平等地位，现行土地补偿标准有失公平;本文基于农户的福利损失测算土地补偿，体现了公平补偿内涵;在土地补偿政策改进方面，应提高淹没区与安置区土地补偿标准，建立完善的社会保障制度，实施更加积极的就业政策等。