文章简要介绍了\"大型水利工程对长江流域重要生物资源长期生态学效应\"基金重大研究项目的立项背景及取得的重要研究进展。针对流域生态系统的演变以及人类活动对流域生态系统的影响是一个长期的、渐变的过程,实事求是地指出本研究的深度和广度还远远不能满足系统揭示大型水利工程长期生态学效应的要求。在分析我国江河流域资源开发利用事业面临的新矛盾和新挑战以及内陆水域水资源、水生生物资源开发利用科技现状和发展动态的基础上,提出了\"组织实施国家重要流域水利水电工程与生态资源环境和谐发展重点专项\"的建议,推动生态水利、流域生态、生态修复学科创新,重点解决重大基础理论问题、创新和集成流域水资源利用与流域资源环境养护高新技术,为国家决策提供有科学和国际法依据的数据支持、维护国家流域权益、保障江河湖泊生态安全、支撑水利水电产业发展。