1993年,水利部党校成立,2000年1月,因国家教育管理体制调整暂时停办,2005年恢复办学。目前,水利部直属机关共有基层党支部152个,党员2832人,占职工总数的54%。从2001—2008年,围绕水利工作中一些带有全局性、战略性和前瞻性的重大理论和实践问题,先后组织实施了70多个部重大课题和220多个司局课题调研。经过多年努力,全国水利系统共有全国文明单位20个,全国精神文明建设工作先进单位49个,全国创建文明行业先进单位33个,首都文明单位5个,中央国家机关文明单位9个,全国水利文明单位228个。