随着我国财政预算绩效管理的全面实施,对强化财政科研项目的绩效管理也提出了政策性要求。论文从政策的贯彻执行、科研项目承担单位的主体责任、预算绩效评价指标体系的建设等方面分析了当前农业科研项目财政预算绩效管理存在的主要问题,提出了改进和完善农业科研项目财政预算绩效管理的建议措施,构建了某农业科研单位创新项目绩效评价指标体系。研究表明:引入绩效管理理念和方法,是预算管理从规范性向效益性发展的必然要求;项目单位必须切实担起科研项目预算绩效管理的主体责任;同时,在绩效评价实施的过程中,应科学设定科研项目绩效目标,优化评价方法,理顺评价流程,并注重评价结果的反馈应用。