利用正交设计试验,对影响ISSR-PCR的Mg2+、dNTPs、引物、TaqDNA聚合酶和模板DNA5个因素进行优化试验。结果表明:25μLISSR-PCR反应体系中各因素的最佳条件为Mg2+2.5mmol/L、dNTPs0.25mmol/L、引物0.2μmol/L、TaqDNA聚合酶1.0U,模板DNA40ng。通过对狗牙根ISSR-PCR最佳反应体系进行梯度退火试验,得到引物UBC881的最佳退火温度为50.5℃。该体系在24个狗牙根种质中获得较好的扩增结果,该优化体系为今后利用ISSR技术进行狗牙根属种质资源的遗传多样性分析奠定了技术基础。