采用单因子和正交设计2种方法,对影响广玉兰ISSR-PCR反应体系的5个因素(Taq酶、Mg2+、dNTP、引模板DNA)进行优化。结果表明:正交设计采用直观分析法获得影响因素最佳反应水平与单因子试验找出影响因素最佳反应水平有一定差异,通过综合比较分析,最终建立了广玉兰ISSR-PCR的最佳反应体系:在20μl的反应体系中,TaqDNA聚合酶1.0U、Mg2+1.2~1.5mmol/L、dNTP1.80mmol/L、引物0.5~0.6μmol/L、30ng模板DNA、10×PCRbuffer。同时,通过PCR比较,确定延伸时间为2min,循环次数为35个较为合适,确定了引物最佳退火温度,得到了广玉兰ISSR-PCR反应的最佳扩增程序。