南天竹是我国广泛分布的集观赏、生态、药用一体的常绿灌木。以湖南省13个不同地区的南天竹种群为试样,首次建立了优化的适用于南天竹种源遗传多样性研究的ISSR-PCR反应体系,并从100条随机引物中筛选出10条重复性好、条带特异、多态性明显的引物,平均每条引物可扩增出4.8条多态带,多态率为85.7%,扩增片段长度范围为300~1 600 bp。遗传距离和遗传一致度的分析结果表明,邵东县与宜章县种源之间的遗传距离最小,而张家界与衡山县种源之间的遗传距离最大。对南天竹13个种源的遗传距离分析、聚类分析和主坐标排序分析结果表明,邵东县、祁阳县、韶山市与宜章县的种源聚为一类,芦淞区与新化县的种源聚为一类,柏加镇、岳阳县与黄花镇的种源聚为一类,洪江县、桃江县、张家界与衡山县的种源同其它三类的亲源关系较远,且彼此单独为一类。