针对层次分析法等常见可持续发展综合评价存在的不足之处：一定程度地掩盖了以牺牲资源与环境为代价换取经济增长和社会进步的现象,并且评价结果只给出被评价对象的排名,不给出排名较后的被评价对象的排名较后的原因,不能为被评价对象的优化调控提供较为明确的依据,一些学者尝试将DEA方法应用于可持续发展综合评价。但DEA方法的应用,需要对输入与输出指标的设计,即评价指标体系构建和输入、输出指标的综合生成进行深入细致的研究。本文以城市可持续发展能力评价为例,在满足DEA方法的要求的前提下,以城市可持续发展相关理论为指导,遵循指标体系设计的目的性、理论性、系统性等原则,分输入、输出两类指标,设计了包括4个一级指标、21个二级指标、45个三级指标的基于DEA方法的评价指标体系,进而采用主、客观权重相结合的办法生成了DEA输入、输出综合指标,并举例说明指标设计的合理性,尝试为DEA方法在可持续发展综合评价中的应用提供思路。实例评价结果与实际情况基本相符,较客观地反映了各城市的可持续发展能力,因为无论从输入、输出单项指标来看,还是从输入、输出综合指标来看,被评价为DEA有效的城市的输入指标值相对较小,输出指标值相对较大。相反地,被评价为DEA无效的城市,特别是效率指数较低的城市,输入指标值相对较大,输出指标值相对较小。