本文提出一种浅海三维污染物扩散数值模拟的方法.首先建立σ坐标系下的Navier-Stoker方程及物质扩散方程.基于过程分裂法将前者分解为外模式(二维方程组)及内模式(三维方程组);并且引入窄缝法对变边界进行模拟,由此建立三维σ坐标潮流模型;并找到σ坐标系下三维污染物扩散方程的差分方法,最后建立三维σ坐标污染物扩散模型.本模式已被应用于厦门海域,并对其2002年海水水质(CODCr值增量)进行了预测.应用结果表明,这种三维可变边界污染物扩散数值模型能够较好地对具有较大面积浅海滩涂的海区进行水质模拟和预测.